Начиная с Windows Vista можно использовать встроенную комманду mklink.
Примеры
mklink /J res src — будет создана папка res, ссылающаяся на папку src (символическая ссылка).
mklink /H res.text src.txt — будет создан файл res.txt, ссылающийся на файл src.txt (жесткая ссылка).
Для более старых версий windows можно использовать утилиты linkd и ln.